Tình hình nghiên cứu về hệ đầm phá bao gồm hai giai đoạn, đó là giai đoạn trước năm 1975 và giai đoạn sau năm 1975.
Giai đoạn trước năm 1975, giai đoạn này kéo dài nhiều năm, bắt đầu là những nghiên cứu nhằm đáp ứng các nhu cầu phát triển của cộng đồng dân cư đến sinh sống và lập nghiệp ở khu vực hệ đầm phá nhằm tận hưởng và khai thác những điều kiện tự nhiên thuận lợi của nó. Giai đoạn này bắt đầu từ chế độ phong kiến, chế độ thuộc địa của đế quốc Pháp và Mỹ. Nội dung của các nghiên cứu chủ yếu nhằm phục vụ cho mục đích quản lý, đánh giá và khai thác tài nguyên.
Những nghiên cứu đầu tiên là về địa lý hành chính phục vụ chủ yếu cho việc quản lý và khai thác tài nguyên thiên nhiên. Trong đó các nghiên cứu về quản lý đã xuất hiện từ rất sớm và đã đề cập đến sự phân chia lãnh địa hoặc sự ban thưởng quyền khai thác hoặc trao quyền cho người trúng thầu… đều thuộc hình thức sở hữu tập thể, chưa thấy xuất hiện hình thức sở hữu cá nhân đối với khu vực nghiên cứu. Kết quả của những nghiên cứu đó đã để lại các bản đồ cổ trong các thư tịch về các phần khác nhau vào thế kỷ XII và XIII. Đến thế kỷ thứ XV, việc nghiên cứu đã đi sâu hơn, bên cạnh những công trình nghiên cứu về địa lý hành chính đã xuất hiện những nghiên cứu về địa lý tài chính. Tác phẩm “Châu Ô cận lục” của Dương Văn An (đời nhà Mạc) đã đề cập đến sự mở cửa Thuận An (vào năm Giáp Thân 1404) do bão cùng với những nỗ lực chống thiên tai của nhà nước phong kiến lúc bấy giờ. Trong phủ biên tạp lục của Lê Quý Đôn (1776) đã nêu lên quy mô, cùng với nhiều dạng tài nguyên đáng kể của khu vực này. Trong thời kỳ Pháp thụôc đã có nhiều công trình nghiên cứu địa chất khu vực Huế, như: công trình của Bouret R., (1923); Hoffer J.H., (1933). Đáng chú ý nhất là công trình của Krempf A., (1923) là những công trình có liên quan trực tiếp đến hệ đầm phá, trạng thái của Thuận An. Từ năm 1945 – 1975 việc nghiên cứu địa chất khu vực Huế nói chung và hệ đầm phá nói riêng gần như bị đình trệ do hoàn cảnh chiến tranh. Tuy nhiên, lác đác có một số công trình nghiên cứu, nhưng chủ yếu về thủy văn đầm phá và các sông đổ vào đầm phá, như công trình của Sơn Hồng Đức (1973, 1975).
Qua đó chúng ta thấy khá rõ trong giai đoạn trước năm 1975 tuy thời gian rất dài, nhưng sự nghiên cứu về lưu vực sông Hương và đầm phá chưa nhiều và phát triển với tốc độ chậm, cả về chiều rộng lẫn lẫn chiều sâu.
Giai đoạn sau năm 1975, sau năm 1975, đất nước đã hoàn toàn giải phóng, hệ đầm phá Tam Giang – Cầu Hai cũng đã có những công trình nghiên cứu. Mở đầu là tại Hội nghị khoa học biển toàn quốc lần thứ nhất (Nha Trang, 1997) Vũ Trung Tạng và Đặng Thị Sy đã coi hệ đầm phá Tam Giang – Cầu Hai là một thủy vực thống nhất và gọi là vùng cửa sông (estuarry của Pritchard, D.W., 1967), cũng tại hội nghị này Nguyễn Thanh Sơn và Trình Phùng đã xếp đoạn bờ từ mũi Rọn đến Hải Vân vào kiểu bờ tích tụ mài mòn đã bị san bằng.
Đến các năm 1978-1980 xuất hiện thêm nhiều công trình nghiên cứu sâu hơn về hệ đầm phá Tam Giang – Cầu Hai, như: địa hóa trầm tích đáy của Võ Văn Đạt, 1978. Năm 1982, Nguyễn Thị Ngân và Tôn Thất Pháp đã phân chia hệ đầm phá thành ba kiểu và hai phụ kiểu, Phạm Văn Miên đã chia hệ đầm phá thành hai kiểu và bốn phụ kiểu. Năm 1984-1985 trong luận văn Cao học, Nguyễn Văn Thanh lần đầu tiên đã xác nhận hệ đầm phá Tam Giang Cầu Hai là một lagun ven biển. Năm 1984 – 1985 Trần Đức Thạnh, Phi Kim Trung, Nguyễn Hữu Cử và nnk đã nghiên cứu địa chất dải ven bờ tây vịnh Bắc Bộ và xác định hệ đầm phá Tam Giang – Cầu Hai là một lagun ven biển nước lợ, gần kín điển hình, thuộc loại lớn trên thế giới. Năm 1990, Brorko P.E khi nghiên cứu các lagun ven biển theo hướng điạ mạo sinh thái cũng đã coi hệ đầm phá Tam Giang – Cầu Hai như là một lagun ven bờ. Trong những năm 1991 – 1995, Nguyễn Chu Hồi, Trần Đức Thạnh, Nguyễn Hữu Cử và nnk thuộc Viện Hải dương học Hải Phòng đã hoàn thành đề tài độc lập cấp Nhà nước KT-ĐL 95-09 “Nghiên cứu khai thác và sử dụng hợp lý tiềm năng phá Tam Giang”. Đây là công trình nghiên cứu lớn có tính tổng hợp nhằm phục vụ cho công tác điều tra cơ bản và định hướng khai thác sử dụng hợp lý tài nguyên ở khu vực này. Bùi Văn Nghĩa (1996) đã đánh giá ảnh hưởng của trầm tích Kainozoi đến việc hình thành các dạng địa hình khoáng sản ở đồng bằng các tỉnh Quảng Bình, Quảng Trị và Thừa Thiện Huế. Tháng 7/1997 Hội thảo Đất ngập nước do công ước Ramsa tổ chức tại Huế, với nhiều bài viết của các tác giả đề cập đến nhiều lĩnh vực khác nhau. Hội thảo đã chính thức đề nghị công ước Ramsa công nhận hệ đầm phá Tam Giang – Cầu Hai là khu bảo tồn thiên nhiên. Năm 1998, Dự án Đầm phá Việt – Pháp đợt I (1998 – 2002) đã được triển khai nghiên cứu về các lĩnh vực địa chất, sinh học và hóa môi trường. Đến nay đã thu được một bộ tài liệu điều tra cơ bản có tính hệ thống trong một thời gian khá dài (với chu kỳ đo đạc nghiên cứu theo tháng), đã đem lại giá trị không nhỏ trong nghiên cứu. Tháng 11 năm 1999, trận lũ thế kỷ đã bức thủng những nơi xung yếu của đê cát chắn ngoài mở ra nhiều của biển mới ở Thừa Thiện Huế, gây ra sự biến đổi trên mặt ở hệ đầm phá cũng như lưu vực sông Hương. Do vậy, Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường đã tổ chức hội thảo về các cửa biển Thừa Thiện Huế vào tháng 2/2000, với 30 báo cáo tham gia về các lĩnh vực địa chất, sinh học, môi trường, kinh tế – xã hội.
Bên cạnh những công trình nghiên cứu trực tiếp hệ đầm phá, nhiều công trình nghiên cứu về các lĩnh vực khác cũng được hoàn thành, đáng chú ý là các công trình : Địa tầng trầm tích Đệ Tứ của Nguyễn Ngọc, (1983); Địa chất tờ Huế tỷ lệ 1:200000 của Nguyễn Văn Trang và nnk, (1984); Trầm tích Đệ Tứ đồng bằng văn biển Quảng Trị và Thừa Thiện Huế của Võ Đình Ngộ, (1993); Địa chất khu vực Huế tỉ lệ 1 :50000 của Phạm Huy Thông và nnk, 1994; Tân kiến tạo và địa động lực hiện đại khu vực Huế của Văn Đức Chương và nnk, 1994, …. Gần đây nhất, công trình hợp tác Việt Nam với Italy theo Nghị định thư: “Nghiên cứu động thái môi trường đầm phá ven biển miền Trung Việt Nam làm cơ sở lựa chọn phương án quản lý, do Viện Tài nguyên và Môi trường biển – Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam thực hiện”; Nghị định thư hợp tác Việt Nam với Bỉ: “Nghiên cứu biến động đường bờ Thừa Thiên Huế bằng công nghệ viễn thám” do Viện Địa chất thực hiện đã đạt được những thành tựu đáng kể.
Qua đó, chúng ta thấy rõ, trong thời gian hơn 40 năm, nhưng đã triển khai nghiên cứu nhiều công trình với quy mô lớn ở khu vực nghiên cứu. Những công trình khoa học đã bước đầu giải quyết được những vấn đề có tính chất định hướng cho những nghiên cứu ứng dụng tiếp theo phục vụ phát triển kinh tế – xã hội bền vững và bảo vệ môi trường.
Bùi Thắng